Největší riziko hrozí zejména ze strany snah o personální zásahy do klíčových institucí, jako je Nejvyšší státní zastupitelství, a restrukturalizace soustavy státních zastupitelství, která by mohla oslabit její nezávislost. 

Nová nejvyšší státní zástupkyně Lenka Bradáčová otevřeně mluví o tom, že by ráda zrušila celý stupeň vrchních státních zastupitelství. Navazuje tak na svého předchůdce Pavla Zemana, který o obdobnou změnu usiloval již v roce 2012. Samotná restrukturalizace může mít své opodstatnění, ale přináší sebou mnohá rizika a měla by proběhnout dostatečná expertní a politická diskuze. 

• Personální obměna: změny v organizační struktuře mohou sloužit k účelové výměně vedoucích státních zástupců a oslabení odbornosti i nezávislosti jednotlivých stupňů soustavy.

• Ztráta specializace a expertízy: zrušení může znamenat rozpad specializovaných týmů a oslabení efektivity.

• Narušení systémové rovnováhy: změna hierarchie a kompetencí mezi jednotlivými stupni může vést k nejistotě a zmatkům ve vyšetřování i dohledu, což otevře prostor pro zásahy „shora“.

• Zpoždění a zátěž systému: přechod na novou strukturu může ochromit činnost státního zastupitelství a vést ke zdržení v závažných kauzách.

• Politická instrumentalizace: bez důkladného a transparentního odůvodnění může být restrukturalizace vnímána jako pokus o podřízení státního zastupitelství exekutivě.